กราฟโมเลกุลที่เชื่อมโยงกัน

ทั้งโครงสร้างนั่งร้านและโครงสร้างกราฟโมเลกุลจะถูกเข้ารหัสเป็นพาหะของตัวเองซึ่งโมเลกุลจะถูกจัดกลุ่มเข้าด้วยกันโดยความคล้ายคลึงกัน ทำให้การค้นหาและปรับเปลี่ยนโมเลกุลเป็นงานง่ายขึ้น ในขั้นตอนการถอดรหัสโมเดลจะสร้างกราฟโมเลกุลขึ้นใหม่ในรูปแบบ “หยาบละเอียด” ซึ่งจะค่อยๆเพิ่มความละเอียดของภาพที่มีความละเอียดต่ำเพื่อสร้างรูปแบบที่กลั่นมากขึ้น

ก่อนอื่นจะสร้างโครงสร้างนั่งร้านที่มีโครงสร้างเป็นต้นไม้และรวบรวมกลุ่มที่เกี่ยวข้อง (โหนดในต้นไม้) เข้าด้วยกันเป็นกราฟโมเลกุลที่เชื่อมโยงกัน เพื่อให้แน่ใจว่ากราฟโมเลกุลที่สร้างขึ้นใหม่คือการจำลองแบบเดิมของโครงสร้างเดิม สำหรับการเพิ่มประสิทธิภาพตะกั่วแบบนี้สามารถปรับเปลี่ยนโมเลกุลตะกั่วตามคุณสมบัติที่ต้องการได้ ด้วยความช่วยเหลือของอัลกอริธึมการทำนายที่ทำคะแนนให้แต่ละโมเลกุลมีค่าความแรงของสมบัติดังกล่าว ตัวอย่างเช่นในงานวิจัยนักวิจัยต้องการหาโมเลกุลที่ประกอบด้วยคุณสมบัติสองอย่างคือความสามารถในการละลายสูงและการเข้าถึงสารสังเคราะห์